Le logo du programme Sud Expert Plantes est issu d'un concours ouvert en 2007 aux enseignants-chercheurs et au étudiants des 22 pays couverts par le programme.
Le candidat dont le projet fut retenu est M. Francis Assongmi, étudiant à l'Université de Dschang (Ouest Cameroun).
Voici le concept original que Francis Assongmi a proposé :
Partant de ce projet, avec l'accord de l'auteur, le graphiste Eric David, de la société Wideal, a ensuite proposé le concept du logo SEP, avec les variantes suivantes (la variante retenue est encadrée : c'est elle qui a reçu la meilleure appréciation globale des membres du Conseil Scientifique et du Comité de Pilotage) :
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